根据您的描述，代理方在修改提单时没有与您进行确认，导致了单位错误的问题。因此，代理方应当承担责任，并及时进行更正。

建议您及时联系代理方，就此问题协商解决，并要求代理方在将来的合作中避免类似情况的发生。同时，您也可以更仔细地审查报关资料的准确性，以避免类似问题的产生。

确认了提单草稿，指代搞错了正本的包装单位，那么这个就要找指定货代那边去进行修改过来呀，而且你们之前是已经确认好这个提单了，那么相关的修改肯定是要跟你们确认好才能改的，而不是私自善做主张去搞。现在这个问题的话，你先让指定货代那边去看修改的问题，或者直接让指定货代跟客户确认是否会影响清关，如果不影响清关的话，那么是没有问题的。如果客户要求修改的话，那么就得让指定货代那边去修改了，这个费用问题的话肯定是指定货代那边来进行承担的。

这个问题肯定是货代那边的问题的，你们报关资料显示的事情不代表这个提单也要这么显示，而且你们之前确认的也是这个Wooden case，现在这个事情只有两个解决办法。第一个就是先跟客户确认一下这个如果不改回wooden case会不会影响清关问题，如果不会的话那么是可以不修改的。但是如果客户要求必须更正过来的话，那么就一定要更正，不然万一真的影响清关的话，到时就不只是一个提单修改费用了，所延误的仓租柜租、清关手续费等等都会比这个费用还要贵的。

报关资料中的包装单位用的CTNS，和代理确认过提单草稿，草稿确认用的wooden case，国外客户要求显示wooden case，但是代理把提单上面的信息改成了报关资料的，那么这个责任肯定是出在代理这里呀。你们确认的是wooden case，但是她没有按照确认的来进行出具，那么如果修改要产生的费用就应该都由她这边来进行承担。另外这个如果要修改的话，一定要尽快，不然等货物那边到港之后再去修改的话，到时就不仅仅是改单费用了，还会有罚金这些的。

让货代再改下吧，就您说的情况看，责任确实在她，但改单费用的话，可能您得承担一点，最好是让她承担大头，看你们怎么沟通了~