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代理进出口公司做账需要注意以下几点：
首先，要设立清晰的会计科目，如应收账款、应付账款、营业收入、营业成本等。根据进出口业务的特点，还需设置相应的明细科目，如代理进口收入、代理出口成本等。
在账务处理上，要根据业务流程进行。收到委托方的款项时，借记银行存款，贷记预收账款；支付货款或费用时，借记应付账款，贷记银行存款。当货物进出口完成后，确认收入和成本。代理进口业务，借记预收账款，贷记营业收入；同时，借记营业成本，贷记应付账款。代理出口业务则相反，借记应收账款，贷记营业收入；借记营业成本，贷记应付账款。
此外，要注意税务处理。代理进出口业务涉及到增值税、关税等税种，需要按照相关法规进行申报和缴纳。同时，要妥善保管好相关的凭证和单据，以备税务检查。
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做账时要确保账目清晰，每笔业务都有详细记录，便于核对和查询。
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注意汇率的变化，及时进行账务调整，避免汇兑损失。
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定期进行财务报表的编制和分析，及时发现问题并进行调整。
