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对于第一个问题，你可以考虑将货物上海出口到印尼后再转移至你们在印尼的合资公司，这样可以避免在中国进行核销退税的问题。关于资金安全方面，你需要咨询专业税务律师或会计师等专业人士，以确定最佳解决方案。
对于第二个问题，你可以申请上海出口转内销，将货物先出口到印尼，然后再转移至自己在印尼的工厂使用。这样可以享受相关的出口退税政策以及关税减免，但需要满足相关要求，如具备出口合同和购销合同等。
关于清关问题，你需要与清关代理或物流公司等合作，以确保货物可以顺利通关。同时，你也需要办理相关的出口手续和文件，例如海关报关单、产地证明、装箱单等。如果需要使用Form E，则需要证明货物的原产地为中国，同时还需要了解相关印尼海关的要求。建议你咨询专业的进出口代理或海关相关部门以获取更详细的信息。
