清理出口代理费需要有系统的方法。首先，要核对所有与出口代理相关的合同和文件，确保费用的计算依据清晰明确。仔细审查每一笔代理费的收费标准、服务内容以及是否存在额外的费用。

然后，与代理公司进行沟通，要求他们提供详细的费用清单和发票。对照合同，检查清单上的费用项目是否合理，发票是否合规。

如果发现问题，及时与代理公司协商解决。必要时，可以请专业的财务人员或律师协助处理。

最后，建立完善的出口代理费管理档案，将所有相关文件和资料进行整理归档，以便日后查询和核对。

对出口代理费进行分类整理，按照时间、项目或客户等维度进行划分，便于查找和核对。

检查代理费的支付记录，确保每一笔费用都有相应的凭证和审批流程。

利用财务软件对出口代理费进行管理，提高数据的准确性和处理效率。

定期对出口代理费进行审计，发现问题及时纠正，确保费用的合理性和合法性。

与代理公司签订明确的合同，规定费用标准、服务内容和违约责任，避免后期产生纠纷。

加强内部沟通，让相关部门了解出口代理费的情况，共同做好费用管理工作。

关注市场行情，了解同类代理服务的收费标准，以便对本公司的代理费进行合理评估。

培训相关人员，提高他们对出口代理费的认识和管理能力。