代理出口业务主要涉及增值税和企业所得税。在增值税方面,如果是一般纳税人,代理出口货物实行“免、抵、退”税管理办法。即对生产企业自营或委托外贸企业代理出口的自产货物,免征本企业生产销售环节增值税;“抵”税,是指生产企业自营或委托外贸企业代理出口的自产货物应予免征或退还的所耗用原材料、零部件等已纳税款抵顶内销货物的应纳税款;“退”税,是指生产企业自营或委托外贸企业代理出口的自产货物占本企业当期全部货物销售额50%及以上的,在一个季度内,因应抵顶的税额大于应纳税额而未抵顶完时,经主管出口退税的税务机关批准,对未抵顶完的税额部分予以退税。如果未达到50%,则需要等到下一个退税期。
在企业所得税方面,代理出口业务取得的收入应计入企业的应纳税所得额,按照企业所得税法的规定计算缴纳企业所得税。同时,与代理出口业务相关的成本费用,如运输费、保险费、佣金等,可以在计算应纳税所得额时扣除。