根据你所描述的情况,问题似乎是出口上海退税函调中的时间差异导致了纠纷。首先,建议你仔细核对商回复的函调中的发货日期和你的报关日期是否存在误差。如果确实存在误差,你可以考虑重新向海关报关,以保证时间上的一致性。
其次,关于山东国税不能二次复函的问题,建议你咨询相关的法律专家以及上海退税函调系统的管理机构,以了解该问题的具体处理方法和政策规定。同时,你也可以向当地的税务部门提交书面申请,说明情况并请求重新发函。
此外,在处理出口退税函调问题时,你还可以寻求第三方的帮助,如向律师、海关代理等相关专业机构咨询。他们可能会有更丰富的经验和更有效的解决方案。
总之,出口退税函调问题需要耐心和细心地处理。在与各方沟通和协商的过程中,要保持冷静和合作精神,尽可能寻求各种解决方案,以确保问题的妥善解决。